Brunet dẫn đầu một sự nghiệp rực rỡ trong quân đội Pháp. Là một đại tá, ông chỉ huy Trung đoàn 11 Pháo binh từ năm 1887 đến năm 1891. Được thăng chức lên Chuẩn tướng vào tháng 12 năm 1891, ông nắm quyền chỉ huy Lữ đoàn 48 Bộ binh từ năm 1891 đến năm 1897, sau đó là Lữ đoàn 19 Pháo binh. Năm 1898, Chanoine, cựu sĩ quan cao cấp của ông trong Phái đoàn Quân sự Nhật Bản, là Bộ trưởng Chiến tranh và Brunet trở thành Tham mưu trưởng của ông ("Chef de l'état-major du ministre de la Guerre") với hàm Thiếu tướng.